3. Shepard został zindoktrynowany – Mass Effect 3
Fani Mass Effect byli troszkę zaniepokojeni, gdy finałowe zakończenie gry wydawało się zostawiać niedosyt. Walka dowódcy Sheparda z Żniwiarzami zakończyła się trzema najczęściej identycznymi wyborami, z których żaden nie przemawia do gracza. Jedno pozwala Shepardowi „kontrolować” Żniwiarzy, drugie pozwala Shepardowi „syntetyzować” organiczne życie z nimi, a ostatnie pozwala Shepardowi „zniszczyć” je. Co dziwne, pierwsze dwa „dobre” i „neutralne” wybory są zgodne z celami złoczyńców, podczas gdy ostatni wybór jest zaznaczony na czerwono (w sensie, że jest to ‘zły’ wybór), pomimo tego, że przez cały czas właśnie to było celem Sheparda.
Fani sądzą, że Shepard został zindoktrynowany – jego umysł został przejęty przez Żniwiarzy – w końcowych momentach gry. Wszystkie zakończenia odbywają się w stanie podobnym do snu, gdzie Żniwiarze przekształcili moralny wybór jako zły, prowadząc graczy do przypadkowego wyrównania z czarnymi charakterami i spełnienia ich życzeń. Teoria ta nie została potwierdzona przez twórców.
